现为公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音），按照课长荒卷大辅（塾一久 配音）的指示外出调查运输机被神秘并机的事件。结果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率领的武装分子的袭击。与此同时，遍布全国的交通管

炎热的暑假到来，忍术学校一年叶组的好伙伴乱太郎（加藤清史郎 饰）、雾丸（林辽威 饰）和新兵卫（神月朱理 饰）留在学校，度过了无忧无虑的快乐假期。谁知假期即将结束，他们的作业还没完成，因此也随之焦急起来