在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人

天地混乱的混沌时代--有一块人和妖怪共存的土地，那里是文明和信仰之源--桃源乡。突然的异变和恐怖袭击了那土地，以往平稳生活着的的妖怪们失去了自我开始了暴走。异变的元凶是“将过去的大妖怪牛魔王给复活了”

　　朵拉是一个留着棕褐色短发、有着健康深色皮肤、性格开朗阳光的小女孩，她虽然只有7岁，可是却是一个十分爱冒险的小家伙，她的足迹遍布世界各地，无论是崇山峻岭，还是大洋湖泊，甚至奇幻秘境，都曾看到朵拉的身

　　作为春名露（池泽春菜 配音）的宠物，哈姆太郎（间宫久留美 配音）是一只外表可爱内心单纯又充满着好奇心的黄金鼠，虽然和主人之间无法用语言交流，但两人深厚的感情溢于言表。这一次，哈姆太郎跟随着主人来到

　　次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物，但是作为一个有自主意识的人造人，次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎，因为次郎可以不断学习，最后超越人类；而机器人也

　　在新宿,有一位赌技高超的赌博高手,大家都称呼他为「小兄弟阿哲」！　　在无敌的哲也面前,出现了一个新的敌人……　　即使背负着 「不死身的力量」,哲也依然丢了九筒……　　反失势人之道而行……这就是胜负

　　达拉克帝国是一个完全只有男人的国家，而美洁尔则是个百分之百的女人国，两边长期以来就互相仇视、战火连连。渡海响是一名机械工，在达拉克帝国中属于地位卑微的三等国民阶级，原本潜入「雷号舰」盗取「蛮型机」

　　在距离现代不久的未来，由於科技的进步，人类赖以代步的汽车早已完全被电动车所取代，每部车辆皆强制配备AI（人工智慧）自动驾驶的功能，配合著都市电脑交通管制系统，车祸事故与交通混乱的现象似乎都不再发生

　　故事發生在1969年的日本，主角淺蔥まりん是個孤兒，與拾她回來的婆婆，和在長屋居住的人們相依為命。雖然家貧困累受人欺負，但她還是毫不氣餒努力求生。　　某一日，來自異世界的生化兵器突然攻擊まりん，逃